Yeni coronavirüs HIV'le ilişkili mi? Yeni coronavirüs genomunda HIV genomundan parçalar mı bulunuyor? Geçtiğimiz günlerde bioRxiv'de ilginç bir preprint(ön-baskı) makale yayınlandı. Bu önbaskıda dizilenen 2019-nCoV genomunda yer alan dizilerle HIV genomu dizileri karşılaştırılmış ve 2019-nCoV'da bulunması zor HIV genomuyla benzer diziler bulunduğu bildirilmişti. Bu dizilerin "doğal olamayacağı"(unnatural) vurgulanmış, 2019-nCoV virüsünün evrimsel olarak doğada bulunamayacağı ima edilmişti.Bu konuyu biyoinformatik alanında çalışmaları olan Dr.Emrah Kırdök ile konuştuk.
2019-nCoV ve HIV gerçekten benzer mi?
bioRxiv, araştırmacıların yazdıkları makaleleri hakem değerlendirmesine girmeden önce bilim camiasıyla görüş almak için paylaştıkları bir sunucu. Buraya herkes serbest bir şekilde çalışmasını yükleyebiliyor. Ama bioRxiv sitesinde yayınlanan her makale bilimsel olarak doğrulanmış değil. Tabi ki bu HIV ve 2019-nCoV arasında ilişki kuran önbaskı makale, diğer yayınlar gibi bioRxiv'de hakem değerlendirmesinden geçmeden ve kritik edilmeden yayınlanan makalelerden biriydi. Pek çok araştırmacı bu iddialı yayını hızla okuyup değerlendirmeye başladı. Bununla birlikte pek çok araştırmacı belirtilen metotlar ve verilerle bu çalışmayı tekrar da ettiler. Bu değerlendirmelerin ardından bu önbaskı makalenin metot hataları içerdiği ve bilimsel olarak yanlış bir çalışma tasarlandığı pek çok farklı araştırmacı tarafından ortaya çıkarıldı. Bunun üzerine bu önbaskı makale yazarlarınca geri çekildi.
Her ne kadar bu hatalı makale geri çekilmiş olsa da, yayında olduğu süre boyuna 2019-nCoV virüsüyle ilgili komplo teorileri üreten safsatacılar tarafından gerçek kabul edildi ve safsatalarına dayanak olarak bu makaleyi ön plana çıkardılar. Bununla kalmayıp, makalenin geri çekilmesini de yine komplo teorilerine alet etmeyi de ihmal etmediler.Bununla ilgili olarak Dr. Emrah Kırdök ile konuyu konuştuk. Dr. Kırdök öncelikle çalışmanın yetersizliğinden bahsetti ve daha sonra metot hatalarını aktardı. Özellikle belli bir örneklemi hedefleyen yanlı bir çalışma yaptıklarını belirtti. Yani 2019-nCoV virüsünü, diğer tüm virüslerle karşılaştırmaktan çok, benzerlik kurmak istenen HIV'in dahil olduğu çok kısıtlı bir genom verisiyle gerçekleştirdiklerinin altını çizdi.Bilimma - Bu çalışma metodolojik olarak neden hatalı?Emrah Kırdök - Öncelikle yapılan çalışmada karşılaştırmalı evrim analizleri için sadece belirli virüs genomlarıkullanılmış . Ancak canlı genomlarında, çoğunlukla biyolojik bir anlam içermeyen tekrarlı diziler yoğun bir şekilde bulunmaktadır. Kısıtlı sayıda karşılaştırma örneği kullanıldığında ise bu bölgeler üst üste gelerek yanlış yorumlamaya sebep olabilir.Bilimma- Siz olsanız nasıl bir çalışma tasarlardınız?Emrah Kırdök - Ben böyle bir analiz yapmaya kalksam, karşılaştırmalı evrim kısmı için NCBI'dan bütün virüs genomlarını kullanırdım. Bu açıdan bakıldığında yapılan çalışmadaki yöntemin doğru bir şekilde tasarlanmadığını düşünüyorum.Bilimma - Bundan başka hatalar bulunuyor mu?Emrah Kırdök - Yapılan analiz, birden fazla DNA dizisini karşılaştırarak benzer kısımları üstüste hizalamayı hedefleyen "çoklu hizalama" analizi. Ancak bu yöntem bazı başlangıç parametrelerine bağımlı ve seçilen parametreler sonucu tamamen değiştirebilir. Maalesef çalışmada başlangıç parametrelerini sunmamışlar. Bu da çalışmanın tekrarlanabilirliğini zedelemiştir.
